PyMOL - Download

Die guten Sachen

Mann, der Cartoon-Modus ist wild. Sie laden eine PDB-Datei – sagen wir, ein Coronavirus-Spike-Protein – und plötzlich verwandeln sich diese unordentlichen Ketten in glatte Helices und Blätter. Es ist, als würde man einem Protein in Echtzeit dabei zusehen, wie es sich faltet. Und der Transparenz-Trick? Sie können eine Proteinoberfläche halbtransparent machen, sodass Sie tatsächlich ein Arzneimittelmolekül in einer Bindungstasche sehen können. Das ist Gold für Präsentationen oder Vorträge. Ich habe es verwendet, um einer Professorin zu zeigen, wie eine Mutation eine Schlüsselinteraktion stört – sie sagte, es sei die klarste Visualisierung, die sie in diesem Semester gesehen habe. Außerdem ist die Möglichkeit, Dinge in Python zu skripten, ein verstecktes Juwel. Ich habe ein kurzes Skript geschrieben, um Rückstände automatisch nach Ladung einzufärben, und bumm, fertig. Kein Klicken durch Menüs für 20 Minuten.

Das nicht so Gute

Ja, es ist kostenlos, was erstaunlich ist, aber die Benutzeroberfläche ist nicht sehr in die Jahre gekommen. Es fühlt sich an wie etwas aus dem Jahr 2008 – viele Menüs, kryptische Befehle und keine Tooltips. Wenn Sie mit der molekularen Modellierung noch nicht vertraut sind, ist die erste Stunde pure Frustration. Auch die Dokumentation ist spärlich. Und obwohl es unzählige Dateitypen verarbeitet, kann das Öffnen einiger volumetrischer Karten zum Absturz führen, wenn Ihr System nicht über die nötige Leistung verfügt. Außerdem gibt es kein integriertes Tutorial. Man wird quasi ins kalte Wasser geworfen. Wenn Sie also nur nach einem schnellen 3D-Modell-Viewer suchen, ist dies möglicherweise nicht das Richtige für Sie. Es ist für Menschen, die Präzision und nicht Komfort benötigen.

Fazit

Wenn Sie sich mit Biochemie oder Strukturbiologie befassen oder einfach nur versuchen, die Proteinstruktur für einen Kurs zu verstehen, ist PyMOL – Download für Mac jede Sekunde der Einrichtung wert. Es ist nicht schön, es ist nicht einfach, aber es ist präzise. Und es ist kostenlos. Wenn Sie also keine grundlegenden Hausaufgaben machen, überspringen Sie die Clickbait-Apps und fahren Sie direkt damit fort. Es ist das einzig Wahre.