PyMOL - Download

Sie starren also auf eine PDB-Datei und versuchen, die Struktur eines Proteins zu verstehen, und Ihr Gehirn schreit: „Was ist das überhaupt?“ Da habe ich nach PyMOL gegriffen. Es ist nicht auffällig, aber verdammt, wenn es nicht chaotische molekulare Daten in etwas tatsächlich Lesbares verwandelt. Ich arbeitete an einem Projekt, bei dem es um ein virales Spike-Protein ging, und PyMOL machte es viel einfacher zu erkennen, welche Teile freigelegt waren und wie sie sich falteten. Die Drehung und der Zoom in Echtzeit sind flüssig und das Raytracing-Rendering? Ja, diese Schatten und Reflexionen lassen Ihre endgültigen Bilder für Papiere oder Präsentationen echt aussehen.

Die guten Sachen

Beim Farbsystem glänzt PyMOL wirklich. Sie können mit einem Befehl bestimmte Reste hervorheben, beispielsweise alle Histidinreste an einer katalytischen Stelle. Ich habe die Farboption „Nach Kette“ verwendet, um Untereinheiten in einem Komplex zu trennen, und plötzlich war die Struktur nicht mehr nur ein Klecks. Es hat Klick gemacht. Und die Messwerkzeuge? Super präzise. Ich habe die Bindungslängen und -winkel noch einmal mit den veröffentlichten Werten verglichen und sie stimmten perfekt überein. Auch die Skripterstellung mit Python ist bahnbrechend. Ich habe ein schnelles Skript geschrieben, um automatisch Seitenansichten eines Proteins aus verschiedenen Blickwinkeln zu generieren – das hat mir Stunden gespart. Die Exportoptionen unterstützen PNG, PDF und sogar Animationen, sodass Sie diese problemlos in Folien oder Berichte einfügen können.

Das nicht so Gute

Okay, seien wir ehrlich – die Benutzeroberfläche ist zunächst … einschüchternd. Wenn man es öffnet, fühlt es sich an, als ob man ohne Laborkittel in ein Labor gegangen wäre. Kein Händchenhalten. Aber ehrlich gesagt, wenn man 15 Minuten lang herumstöbert, beginnt es einen Sinn zu ergeben. Dennoch könnten sich Anfänger verirren, wenn sie nicht einem Tutorial folgen. Es gibt kein integriertes Hilfemenü, das wirklich hilfreich wäre, sondern nur Links zu Dokumenten, die davon ausgehen, dass Sie bereits wissen, was eine „Cartoon“-Darstellung ist. Und obwohl es kostenlos ist, eignet es sich aufgrund der Lernkurve nicht für den gelegentlichen Gebrauch. Wenn Sie sich ein Molekül nur einmal ansehen und dann weitermachen möchten, ist ArgusLab (das ebenfalls kostenlos ist) möglicherweise benutzerfreundlicher. Außerdem ist es nicht für Touchscreens oder Low-End-Geräte optimiert – mein alter Laptop ruckelte bei starker Wiedergabe.

Fazit

Wenn Sie in der Ausbildung, Forschung oder im Studium der Molekularbiologie tätig sind, ist PyMOL – Download für Windows absolut einen Kauf wert. Es ist kostenlos, vollgepackt mit Tools, für die die meisten Apps kostenpflichtig sind, und die Qualität der Ausgabe ist erstklassig. Rechnen Sie einfach damit, dass Sie einige Zeit damit verbringen werden, es herauszufinden. Für jeden, der ernsthaft mit Proteinen oder kleinen Molekülen arbeitet, ist es eines der besten kostenlosen Tools auf dem Markt. Überspringen Sie es nur, wenn Sie nur stöbern oder etwas ganz Einfaches benötigen. Ansonsten? Machen Sie weiter und laden Sie es herunter. Du wirst es dir später danken.